近年来，港南区把发展农民专业合作社作为提高农民组织化程度、增加农民收入的主要措施来抓。截止2014年10月底，该区经工商部门登记注册的各类农民专业合作社已达183家，其中有种植业70家、养殖业75家、林业9家、农机17家，其他12家，注册资金27976万元，注册成员2261人，带动非成员农户53140多户。2013年全区合作社实现销售总收入8250多万元，入社社员较入社前人均增收300多元,辐射带动农户户均增收 520多元。

    农民专业合作社经营的种类由原来的水稻、蔬菜、水果等少数几个品种，发展到涵盖种植、养殖、销售、服务等多产业，多品种。经营方式由过去农民松散的联合为主，逐步向较为紧密的合作转变。目前，该区获得自治区级示范社的有3家，获得市级示范社的有4家。